El Archivo catedralicio desde su inicio en el siglo XII y hasta el año 2000 se situó en las dependencias de la Catedral. Tuvo diferentes ubicaciones hasta que en el siglo XVI se instaló en un edificio anexo a la cabecera del templo sobre la actual “Sala Preciosa” o “Sala Capitular” y con acceso desde el interior de la Iglesia. En su organización han intervenido prestigiosos archiveros como Juan Antonio Fernández, Joaquín Ruiz de Conejares, Francisco Fuentes Pascual, que dispuso en 1944 un catálogo impreso, y Julio Segura Moneo, actual Archivero Municipal.

Contiene una amplia sección de 1200 documentos en pergamino a partir del año 1091 y una sección de Archivo histórico administrativo de destacada relevancia. Sus fondos resultan de consulta obligada para la historia social, local y de Navarra.

Hoy en día recoge aproximadamente 300 cajas de documentación producida o recibida por el Cabildo Catedralicio en el desarrollo de las actividades litúrgicas y culturales que le son propias. La riqueza bibliográfica que se conserva en el Archivo de la Catedral es extraordinariamente importante porque refleja muchos de los aspectos de la vida ordinaria incluso aquellos que pudiéramos considerar como mínimos.

La documentación ha sido clasificada por los diferentes archiveros siguiendo un peculiar cuadro de clasificación publicado por Francisco Fuentes en el año 1944 y que se mantiene según el siguiente ÍNDICE GENERAL DE LOS FONDOS